Luomutuotannon kasvinsuojelu perustuu ensisijaisesti ennaltaehkäisyyn. Siinä viljelykierto on avainasemassa. Sen lisäksi käytetään viljelyteknisiä menetelmiä ja mekaanista torjuntaa.

Kun tilalle tehdään kasvinsuojelusuunnitelma, jossa viljelykiertoa arvioidaan nimenomaan kasvinsuojelun näkökulmasta, voidaan välttää monta ongelmaa. Ensimmäinen lähtökohta on, että tilan tärkeimmälle kasville valitaan sille sopiva paikka viljelykierrossa tai koko viljelykierto suunnitellaan niin, että maan rakenne ja ravinnetila vastaavat sen tarpeita kasvin tullessa viljelyyn ko. lohkolle. Silloin kasvi on vastustuskykyinen kasvintuhoojien suhteen.

Seuraavaksi kartoitetaan kasvinsuojeluongelmat kuten kasvitaudit ja tuholaiset, jotka ovat yhteisiä muiden kierrossa olevien kasvien kanssa. Tarpeen mukaan kiertoa muokataan niin, että viljelyyn tulee tarvittava määrä välivuosia tai etäisyydet eri lohkojen välillä ovat riittävät. Samalla kirjataan tarvittavat viljelytekniset keinot, kuten harsojen käyttö ja mahdolliset torjuntatoimenpiteet. Myös tuhoojien luontaisten vihollisten vaalimisen menetelmät kuuluvat kasvinsuojelusuunnitelmaan.

Rikkakasvien sääteleminen lähtee lohkon rikkakasvilajiston tuntemista. Se auttaa ennakoimaan niiden mahdollisen lisääntymisen kierron jossain vaiheessa ja suunnittelemaan toimenpiteet sen ehkäisemiseksi, esimerkiksi viherlannoitusnurmen monipuolinen lajikevalinta, sopiva kylvömäärä ja paikkauskylvö. Myös pikakesannoinnin mahdollisuus kannattaa varata kiertoon.Paras torjuntakeino on hyvä kasvusto ja hyvä sato. Aluskasvin valinnalla voidaan myös vaikuttaa rikkakasvitilanteeseen.

Lohkokohtaista kasvinsuojelusuunnitelmaa tarkastellaan myös tilatasolla ja jopa tilojen välillä silloin, kun lohkojen sijoittelulla voi olla merkitystä tuholaisten tai luontaisten vihollisten leviämisen kannalta.